Ekstrakurikuler Bimbingan Olimpiade IPA dan Matematika dipersiapkan agar para peserta didik mampu bersaing dalam perlombaan olimpiade san
Marching Band MIN 3 Bantul bernama Gema Bahana Arga Nada, merupakan salah satu tim Marching Band terbaik
Muhadlarah adalah ekstrakurikuler yang bertujuan melatih agar para siswa memiliki kemampuan dalam public speaking, baik pidato, MC,
Paskibra Mintiba adalah Pasukan Pengibar Bendera yang mendapatkan pelatihan setiap minggunya. Tim Paskibra ini dipilih dari berbagai
Pramuka merupakan ekstra wajib di MIN 3 Bantul. Salah satu media pembentukan karakter dan kedisiplinan siswa.
Seni Musik Islami yang sangat populer di Indonesia, merupakan salah satu ekstrakurikuler yang banyak diminati oleh siswa-siswi
Renang adalah salah satu kompetensi penting yang harus dimiliki oleh peserta didik, bahkan menjadi salah satu olahraga