Aula MIN 3 Bantul merupakan ruang serbaguna yang digunakan untuk berbagai kegiatan.
Lapangan sepakbola berada di halaman gedung timur MIN 3 Bantul.
Perpustakaan MIN 3 Bantul memiliki nama Darul Ma'arif yang berarti Rumah Pengetahuan atau Kebijaksanaan.
Ruang Multimedia dan IT digunakan untuk pembelajaran berbasis teknologi digital